Γενικά και οι δύο τεχνικές είναι πάρα πολύ ασφαλείς αλλά όπως σε κάθε χειρουργική επέμβαση πάντοτε υπάρχει κάποιος κίνδυνος που μπορεί να συγκριθεί περίπου με τον κίνδυνο από τη χρήση φακών επαφής.
Το laser δεν αλλάζει τίποτα άλλο στομάτι πέρα από την καμπυλότητα του κερατοειδούς και ως εκτούτου δεν επηρεάζει τον κίνδυνο για άλλες οφθαλμικές παθήσεις που σχετίζονται με την προυπάρχουσα διαλαστική ανωμαλία. Για παράδειγμα ένα μάτι που έχει μυωπία 8 βαθμών έχει μεγαλύτερο κίνδυνο να πάθει αποκόλληση αμφιβληστροειδή, γλαύκωμα ή ωχροπάθεια στο μέλλον σε σχέση με ένα φυσιολογικό και αυτός ο κίνδυνος ούτε αυξάνεται αλλά ούτε και μειώνεται μετά την επέμβαση.
Τέλος το laser δεν επηρεάζει τη φυσιολογική διαδικασία της γήρανσης και έτσι ακόμα και μετά επιτυχημένη επέμβαση θα χρειαστούν γυαλιά για κοντά (πρεσβυωπίας) στην ηλικία περίπου των 45 ετών.
Προβλήματα που μπορερί να εμφανιστούν μετά το laser είναι τα ακόλουθα:
Υπέρ ή υπο διόρθωση. Επανεπέμβαση σε 2-3% των ασθενών
Μόλυνση
Φλεγμονή (DLK)
Ξηροφθαλμία (παροδική για 3-4 μήνες)
Προβλήματα από τον κρημνό (flap)-LASIK
Εκτασία κερατοειδούς
Ενεργοποίηση έρπη
Βλεφαρόπτωση
Προβλήματα με οδήγηση τη νύχτα / ιδίως αν ο ασθενής έχει μεγάλη κόρη.
Haze (PRK)